Um prejuízo de cerca de R$ 2 milhões pode ter sido produzido no programa Mais Médicos. De acordo com auditoria realizada pelo Ministério da Transparência, pagamentos irregulares para ajuda de custo e formação podem ter sido a causa desse prejuízo. 

A avaliação do programa, criado em 2013, teve como principal alvo a Secretaria de Gestão do Trabalho e da Educacao na Saúde, além de 233 Unidades Basicas. 

Os auditores destacaram que em 26% das equipes jouve descumprimento, por parte dos medicos, da carga mínima obrigatória de 40 horas semanais. Outro problema destacado foi a falta de detalhes para prestar contas. 

Alem disso, outro grave problema encontrado foi a distribuição de médicos, que não atendeu às vagas que precisavam ser preenchidas  nos municípios mais vulneráveis.